S ebagai calon penerus pembangunan bangsa, anak Indonesia perlu dipersiapkan untuk dapat mencapai prestasi akademik yang optimal. Prestasi akademik adalah hasil belajar yang diperoleh dari kegiatan pembelajaran di sekolah yang bersifat kognitif dan ditentukan melalui pengukuran dan penilaian seperti tes dan ujian. Protein merupakan zat gizi yang berfungsi sebagai zat pembangun pembentukan sel-sel saraf baru termasuk otak. Protein sangat diperlukan untuk membentuk neurotransmitter penghantar impuls saraf dan mempengaruhi perilaku. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui hubungan asupan protein dan prestasi akademik pada siswa Madrasah Tsanawiyah Negeri. Jenis penelitian ini adalah deskriptif analitik dengan desain penelitian yang crosssectional. Penelitian ini dilakukan pada bulan Desember 2016 di MadrasahTsanawiyah Negeri 3 Pondok Pinang Jakarta Selatan. Sebanyak 199 data siswa berhasil dikumpulkan secara propotional simple random sampling. Data asupan protein diperoleh dari kuesioner Food Frequency Questionnaire Semi Kuantitatif dan data prestasi menggunakan raport. Analisis statistik menggunakan uji Chisquare dengan batas kemaknaan p<0,05. Berdasarkan kelompok responden dengan asupan protein yang kurang sebanyak 54,5% memiliki nilai di atas rata-rata, dan 45,5% memiliki nilai di bawah rata-rata. Dari kelompok responden dengan asupan protein baik sebanyak 56,5% memiliki nilai di atas rata-rata, dan 43,5% memiliki nilai di bawah rata-rata. Tidak terdapat hubungan antara asupan protein dengan prestasi siswa (p = 0,862). Dari penelitian ini disimpulkan tidak terdapat hubungan antara asupan protein dengan prestasi akademik pada siswa.