K esehatan gigi dan mulut merupakan bagian dari kesehatan tubuh yang tidak dapat dipisahkan satu degan yang lainnya, sebab kesehatan gigi dan mulut akan mempengaruhi kesehatan tubuh secara keseluruhan. Waktu yang tepat menyikat gigi penting untuk menjaga keseimbangan mikroorganisme di dalam rongga mulut. Ada pakar yang mengatakan bahwa menyikat gigi lebih baik dilakukan setelah bangun tidur dibandingkan dengan menyikat gigi setelah makan pagi. Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan dan mengidentifikasi jenis mikroorganisme di kedua kelompok yang menyikat gigi setelah bangun tidur dan sesudah makan pagi. metode penelitian yang digunakan adalah berjenis analitik laboratorium dengan membiarkan bakteri yang diperoleh dari menswab mukosa bukal dan labial dari subjek pada kedua kelompok tersebut. Subjek penelitian ini adalah mahasiswi yang tiinggal di rumah kos (n=30). Sampel yang diambil, dibagi menjadi dua kelompok, yaitu kelompok dengan kebiasaan menyikat gigi setelah bangun tidur (n=15) dan kelompok dengan kebiasaan menyikat gigi setelah makan pagi (n=15). Setiap subjek yang diambil sampel dengan cara meng-swab daerah mukosa labial dan bukal dengan menggunakan cotton bud steril. Hasil penelitian menunjukan bahwa pada kelompok dengan kebiasaan menyikat gigi setelah bangun tidur jenis mikroorganisme Klebsiella, Streptococcus alfa, Streptococcus beta, Staphylococcus aureus, Staphylococcus albus, dan Bacillus. Demikian juga pada kelompok menyikat gigi setelah makan pagi ditemukan jenis bakteri yang sama. Sedangkan hasil uji statistik menunjukan masing-masing kelompok adalah dengan rata-rata simpang baku 2.00 ± 0.756 untuk kelompok dengan kebiasaan menyikat gigi setelah bangun tidur dan 1.93 ± 0.799 untuk kelompok dengan kebiasaan menyikat gigi setelah makan pagi. Hasil dari uji T independent untuk kedua kelompok ini berbeda secara statistik (p<0.05). Terdapat perbedaan pada jumlah bakteri rongga mulut setelah menyikat gigi sesudah bangun tidur dan sesudah makan, di mana pada kebiasaan menyikat gigi setelah bangun tidur terdapat jumlah bakteri yang lebih banyak dibandingkan pada kebiasaan menyikat gigi sesudah makan pagi. Keberadaan bakteri di dalam rongga mulut tidak selalu menimbulkan penyakit.