P embangunan Dermaga Niaga yang dilakukan oleh Pemerintah Kabupaten Ende di atas tanah hak ulayat masyarakat hukum adat Nanganio Watukamba mendapat banyak tantangan dari masyarakat Kabupaten Ende pada umumnya dan masyarakat hukum adat Nanganio Watukamba pada khususnya. Pokok permasalahannya adalah bagaimana penerapan peraturan menteri negara agaria/kepala badan pertanahan nasional Nomor 5 Tahun 1999 dalam kaitannya dengan pembangunan dermaga niaga di atas tanah hak ulayat masyarakat hukum adat Nanganio Watukamba dan apa sajakah kendala-kendala didalam pelaksanaan pembangunan dermaga niaga tersebut diatas tanah hak ulayat masyarakat hukum adat nanganio watukamba. Penelitian ini menggunakan penelitian hukum normatif,yang dilengkapi dengan data hasil wawancara dengan melibatkan pihak-pihak terkait melalui data primer dan data sekunder, data-data tersebut dianalisis secara kualitatif, sementara kesimpulan memakai metode deduktif. Berdasarkan analisis yang ada: Proses penyelesaian sengketa tanah hak ulayat masyarakat hukum adat Nanganio Watukamba harus sesuai dengan Undang- Undang yang berlaku. Sehingga seluruh proses pembangunan yang terjadi tidak menunjukan preseden yang buruk dari Pemerintah Kabupaten Ende dalam mengidentifikasi, mengatur dan menata setiap permasalahan yang timbul dari adanya aktifitas pembangunan di atas tanah hak ulayat masyarakat hukum adat.