T eluk Jakarta merupakan tempat bermuaranya 13 sungai dan kali yang melewati kota Jakarta, yang membawa limbahnya baik dari pembuangan sampah, industri maupun rumah tangga serta kegiatan lainnya. Limbah tersebut kemudian masuk ke Teluk Jakarta dan selanjutnya akan terakumulasi di perairan laut. Hal ini menyebabkan perairan Teluk Jakarta menerima beban pencemaran yang cukup berat. Penelitian bertujuan untuk mengetahui konsentrasi amonia, nitrit, nitrat dan fosat di teluk jakarta; mengetahui tingkat pencemaran organik; mengetahui kegiatan-kegiatan yang menjadi sumber -sumber pencemar pada stasiun penelitian. Penelitian dilakukan pada Bulan Oktober 2004 - Januari 2005 bertempat di teluk Jakarta, khususnya Teluk Jakarta bagian tengah hingga ke timur, . Pengambilan sampel dilakukan pada perairan sungai, muara, dan laut di 5 lokasi penelitian utama yaitu Sunter, Cakung Drain, Marunda, Cibitung Bekasi Laut (CBL), dan Muara Tawar. Proses pengambilan sampel air dilakukan dengan menggunakan Nansen water sampler pada kedalaman setengah dari kedalaman total sungai, muara dan laut. Metode analisis yang digunakan adalah metode Salicylate untuk amonia, metode reduksi asam askorbat soectrofotometrik untuk nitrat metode sufanilamide untuk nitrit dan metode fosmolibdat spektrofotometrik untuk fosfat. hasil penelitian menunjukkaan bahwa konsentrasi amonia di teluk Jakarta berada pada kisaran 0 mg/l - 2,5 mg/l (Oktober) dan 0,01 mg/l -6,10 mg/l (Desember). Konsentrasi nitrit berkisar antara 0,008 mg/l - 9,216 mg/l (Oktober) dan 0 mg/l -0,087 mg/l (Desember). Sementara itu konsentrasi nitrat mempunyai kisaran antara 0,04 mg/l - 0,14 mg/l (Oktober) dan 0,03 mg/l - 0,19 mg/l (Dember). Sedangkan konsentrasi fosfatnya mempunyai kisaran antara 0,54 mg/l - 7,6 mg/l (Oktober) dan 0,47 mg/l - 8,4 mg/l (Desember). dengan membandingkan dengan baku mutu, kondisi ini mengindikasikan perairan Teluk Jakarta tercemar sebagai akibat banyaknya buangan yang berasal dari kegiatan di daratan seperti kegiatan industri, pemukiman penduduk, pasar ikan, aktivitas nelayan, dan adanya tambak udang. Secara garis besar perairan Teluk Jakarta dibagi menjadi dua kategori yaitu kategori perairan tercemar dan kategori perairan tidak tercemar. Agar kualitas air dapat terjaga, perlu dilakukan upaya pelestarian ekosistem mangrove, khususnya yang ada di sekitar perairan Teluk Jakarta karena salah satu fungsi hutan mangrove adalah menguraikan limbah organik dan mencerna nitrogen (N) dan fosfat (P) dalam jumlah besar yang ada di dalam perairan sehingga senyawa N dan P tersebut dapat berubah bentuk, dengan demikian terjadi penumpukan nitrogen di dalam perairan.