K ualitas perairan sungai Ciliwung semakin hari semakin menurun, hal ini terjadi akibat banyaknya pencemar-pencemar yang masuk ke sungai Ciliwung. Sungai Ciliwung melintasi pemukiman yang sangat padatr yang ada di Jakarta. Cemaran yang mengalir ke Sungai Ciliwung diduga mengandung senyawa-senyawa anorganik, diantaranya nitrat, nitrit dan ammonia yang semakin hari semakin meningkat konsentrasinya. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei 2005 hingga Bulan Januari 2006. Pengambilan sampel air dilakukan di 10 stasiun yang berbeda. Parameter yang dianalisa meliputi TDS, kekeruhan, DO, BOD, suhu serta kandungan nitrat, nitrit dan ammonia. Pengambilan sampel dilakukan pada Bulan Mei dan desember 2005. Hasil penelitian menunjukkan konsentrasi nitrat di sungai berkisar antara 0.14 mg/l - 1.42 mg/l pada sampling pertama dan 0.35 mg/l - 1.68 mg/l untuk sampling kedua. Konsentrasi tertinggi di kedua sampling terdapat di stasiun Kalibata, sumber pencemar di stasiun ini diduga karena banyaknya pemukiman penduduk yang membuang langsung buangannya ke sungai. Konsentrasi nitrat di sungai pada sampling pertama yaitu berkisar antara 0.0006 mg/l-0.25 mg/l dan pada sampling kedua yaitu berkisar antara 0.001 mg/l-0.58 mg/l. Konsentrasi tertinggi di kedua sampling yaitu pada stasiun Teluk Gong yaitu0.25 mg/l, hal ini diduga karena pengaruh sampah organik yang berasal dari kegiatan pertokoan, perkantoran dan pemukiman di sekitar sungai tersebut. Namun demikian konsentrai nitrat dan nitrit di sungai Ciliwung tidak melebihi baku mutu golongan B SK Gub KDKI No.582/1995 yaitu untuk nitrat sebesar 10 mg/l, dan untuk nitrit sebesar 1 mg/l. Sedangkan konsentrasi ammonia pada sampling pertama dan kedua berkisar antara 0.13 mg/l-3.95 mg/l dan 0.27 mg/l - 3.97 mg/l. Pada 4 stasiun terakhir yaitu Guntur , Pejompongan, K.H Mas Mansyur dan Teluk Gong. Konsentrasi ammonia melebihi baku mutu golongan B SK Gub KDKI no 582/1995 yaitu sebesar 1 mg/l. Hal ini disebabkan karena semakin banyaknya jumlah buangan kegiatan industri, hotel rumah sakit dan pemukiman yang kemungkinan mengandung bahan organik khususnya protein, mengingat ammonia dapat berasal dari fase ammonia yang merupakan proses dekomposisi bahan organik yang mengandung protein oleh mikroba. bentuk nitrogen yang paling banyak terkandung di perairan Sungai ciliwung adalah ammonia (NH3), selanjutnya dalam bentuk nitrat dan kemudian dalam bentuk nitrit. Suhu dan oksigen terlarut (DO) memberikan pengaruh yang cukup besar dalam pembentukan ammonia., nitri dan nitrat. penurunan kadar ammonia menggunakan jartest dengan koagulan PAC (Poly Alumunium Clorida) merupakan cara yang tidak efektif karena persentase penurunan terbesar hanya sebesar 34,9% dengan penambahan PAC sebanyak 10 ppm. Konsentrasi kesetimbangan massa nitrat yang terbesar yaitu di stasiun 5 (Kalibata) dengan jumlah konsentrasi pada sampling pertama 1,405 mg/l dan sampling kedua 1,6 mg/l. Konsentrasi kesetimbangan massa nitrit yang terbesar pada sampling pertama dan kedua terdapat di stasiun 10 (Teluk Gong) dengan nilai sampling pertama sebesar 0,25 mg/l dan nilai sampling kedua sebesar 0,58 mg/l. Konsrntrasi massa ammonia yang terbesar juga pada stasiun 10 (Teluk Gong) yaitu sebesar 3.95 mg/l dan 3,97 mg/l.