S tomatitis aphtosa adalah lesi mukosa dalam rongga mulut yang paling sering terjadi dalam praktek kedokteran gigi. Belum ada terapi yang benar-benar memuaskan dan spesifik untuk mengobati pasien stomatitis aphtosa. Hal ini dikarenakan etiologi stomatitis aphtosa yang belum diketahui dengan pasti sehingga pengobatan yang dilakukan biasanya bersifat simptomatis. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui macam-macam obat yang digunakan serta penggunaan obat mana yang paling sering digunakan pada pasien stomatitis aphtosa yang datang ke klinik gigi dan mulut Universitas Trisakti periode 2005-2007. Penelitian yang dilakukan ini merupakan studi deskriptif dengan menggunakan tabel distribusi frekuensi. Data diolah dengan menggunakan program SPSS versi 17. Subjek sebanyak 200 orang, terdiri dari 38 pria dan 162 wanita. Dari hasil penelitian diperoleh lima pengobatan dengan persentase terbesar adalah Benzokain dalam Borax Gliserin (16%), Genjigel (13 %), kombinasi Tetrasiklin dan Solcoseryl (12%), kombinasi Tetrasiklin dengan Vitamin A dan Solcoseryl (11 %) , dan Solcoseryl Dental Paste (10 %). Dengan mengetahui pengobatan yang dipakai pada penderita stomatitis aphtosa diharapkan dapat diperoleh pengobatan yang efektif dan efisien.