L Latar belakang: Irigasi adalah bagian penting dari keberhasilan perawatan endodontik yang memiliki fungsi sebagai antimikroba dan antibiofilm. Fase perawatan endodontik yang sering terabaikan adalah eradikasi mikroorganisme dan debris organik serta anorganik saluran akar. Larutan irigasi yang paling umum digunakan adalah natrium hipoklorit. Nigella sativa dan Clinacanthus nutans merupakan bahan alam yang dapat digunakan sebagai bahan irigasi. Tujuan: Mengetahui dan menganalisis perbedaan efektivitas antimikroba dan antibiofilm ekstrak Nigella sativa dan Clinacanthus nutans terhadap biofilm endodontik patogen yaitu Porphyromonas gingivalis, Enterococcus faecalis dan Candida albicans. Metode: Uji hambat tumbuh dilakukan pada media BHI untuk Porphyromonas gingivalis dan E. faecalis serta media agar SDA untuk C. albicans untuk menguji aktivitas antimikroba. Uji antibiofilm dilakukan in vitro menggunakan biofilm assay dan ex vivo dilakukan dengan menghitung jumlah koloni yang dikultur setelah diberi perlakuan serta dikonfirmasi dengan Real Time PCR pada P. gingivalis, E. faecalis dan C. albicans. Hasil: Terdapat perbedaan bermakna efektivitas antimikroba ekstrak C. nutans dan ekstrak N. sativa pada bakteri P. gingivalis, sedangkan pada E. faecalis dan C. albicans tidak terdapat zona hambat. Tidak terdapat perbedaan bermakna uji antibiofilm dengan biofilm assay antar ekstrak C. nutans dan N. sativa, namun terdapat perbedaan bermakna antar konsentrasi, waktu dan bakteri. Terdapat perbedaan bermakna antara ekstrak Clinacanthus nutans dan Nigella sativa pada perhitungan koloni serta dikonfirmasi dengan Real Time PCR. Kesimpulan: Kedua ekstrak memiliki perbedaan efektivitas antimikroba bakteri Porphyromonas gingivalis namun tidak terdapat efektivitas antimikroba pada Enterococcus faecalis dan Candida albicans. Kedua ekstrak memiliki perbedaan efektivitas antibiofilm terhadap dual species Porphyromonas gingivalis dan Enterococcus faecalis serta mono species Candida albicans.