L Latar belakang: Annona muricata Linn. atau sirsak adalah tanaman yang populer digunakan oleh masyarakat Indonesia sebagai pengobatan tradisional kanker. Penelitian menunjukkan kandungan alkaloid, fenol dan annonaceous acetogenin yang terkandung dalam ekstrak akar dan daun A. muricata memiliki aktivitas sitotoksik tinggi terhadap sel kanker. (+)-Xylopine adalah senyawa yang ditemukan pada akar A. muricata dan diteliti meningkatkan sitotoksisitas terhadap sel kanker tanpa merusak sel normal sekitarnya. Tujuan: Mengetahui perbedaan sitotoksisitas ekstrak etanol akar dan daun A. muricata terhadap lini sel HSC-3. Metode: Lini sel HSC-3 diberikan perlakuan dengan ekstrak etanol akar dan daun A. muricata dengan konsentrasi masing-masing 100 μg/mL, 30 μg/mL, 10 μg/mL, dan 1 μg/mL selama 24 jam, lalu diuji dengan MTT untuk menghitung persentase viabilitas sel. Hasil: Terdapat perbedaan sitotoksisitas dari ekstrak etanol akar dan daun A. muricata dimana ekstrak akar A. muricata memiliki efektivitas lebih tinggi dalam membunuh lini sel HSC-3 dengan konsentrasi 100 μg/mL dan 30 μg/mL yang menunjukkan viabilitas sel sebesar 38,44% dan 48,81%. Perlakuan ekstrak daun A. muricata dengan konsentrasi 100 μg/mL memiliki persentase viabilitas sel sebesar 49,58%. Hasil dari analisis statistik dengan uji ANOVA satu arah menujukkan adanya perbedaan yang signifikan antara kelompok (p<0,001). Kesimpulan: Terdapat perbedaan sitotoksisitas dari ekstrak akar dan daun A. muricata terhadap lini sel HSC-3 dimana ekstrak akar A. muricata menunjukkan sitotoksisitas yang lebih tinggi.