T Teluk Jakarta merupakan perairan yang sangat subur sebagai akibat dari pasokan nutrien yang sangat melimpah dari limbah domestik dan industri. Adanya berbagai macam tekanan terhadap lingkungan laut, menyebabkan kondisi perairan Teluk Jakarta mengalami kemuduran sepanjang tahun. Salah satu cara untuk mengetahui kondisi perairan Teluk Jakarta dengan mempelajari kelimpahan dan struktur komunitas fitoplankton yang meliputi keanekaragaman, kemerataan, dominansi, saprobitas dan pola penyebaran. Penelitian dilakukan pada bulan September 2004 - Januari 2005. Pengambilan contoh air dilakukan 2 kali yaitu pada tanggal 11 Oktober 2004 dan 23Desember 2004 di Teluk Jakarta bagian tengah ke timur. Pengambilan contoh air dilakukan di 5 lokasi yang berbeda dan setiap lokasi dibagi menjadi 3 stasiun pengamatan yang mewakili sungai, muara dan laut. Parameter yang diamati meliputi suhu, pH, salinitas, kecerahan,arus dan kelimpahan fitoplankton. Pengamatan contoh fitoplankton dilakukan dengan metode pencacahan menggunakan Sedwick Rafter Counting Cell. Pencacahan dan perhitungan fitoplankton dilakukan di laboratorium Balai Penelitian Perikanan Laut pada tanggal 13 Oktober 2004 - 30 Oktober 2004 untuk pengamatan contoh pertama dan kedua pada tanggal 27 Desember 2004 - Januari 2005. Hasil penelitian menunjukkan bahwa di perairan Teluk Jakarta ditemukan 42 jenis fitoplankton dari kelompok Diatom terdiri dari (21 jenis) dan non-Diatom masing-masing dari klas Chlorophytha (3 jenis ), klas Cyanophyta (4 jenis), klas Dynoflagellata (8 jenis) dan klas Titinidae sebanyak (6 jenis ). Kelimpahan fitoplankton tertinggi pada Oktober adalah perairan sungai di Marunda sebesar l.400.487.000 sel/m'. Tingginya kelimpahan fitoplankton dipengaruhi oleh sungai Blencong yang banyak membawa nutrisi untuk fitoplankton ke perairan sungai Marunda ini. Kelimpahan fitoplankton terendah pada Oktober adalah perairan laut Muara Tawar sebesar l.550.108,287sel/m3. Rendahnya fitoplankton disebabkan tingginya suhu akibat adanya limbah panas oleh PLTU Muara Tawar. Sedangkan kelirnpahan tertinggi pada Desember adalah laut Sunter sebesar2.668.117.674 sel/nr'. Tingginya kelirnpahan fitoplankton disebabkan debit air yangbesar mendorong nutrien dan fitoplankton yang berasal dari sungai menuju laut Sunter. Kelimpahan terendah terdapat di perairan muara di Cibitung Bekasi Laut sebesar3. 814.148 sel/nr'. Indeks keanekaragaman pada Teluk Jakarta rata-rata berkisar antara sedang sampai rendah yaitu antara 0,699 - 1,786. Sementara indeks kemerataan cenderung mendekati 0 berarti kemerataan fitoplankton rendah. Karena adanya dominansi jenis fitoplankton relatif tinggi, yang ditunjukkan oleh indeks dominansi mendekati 1 berarti dominansi tinggi. Indeks Saprobitas cenderung menunjukkan perairan berada pada kategori tercemar sedang sampai sangat berat. Sedangkan pola penyebaran fitoplankton bersifat seragam karena rata-rata nilai indeks Diversitas Morisita lebih kecil dari 1. Hal ini diduga ditunjukkan adanya dominansi jenis Chaetoceros, Skeletonema dan Stephanophyxis yang mampu bertahan di perairan tercemar.