Simulasi identifikasi daerah coding pada deoxyribonucleic acid dengan menggunakan discrete fourier transform

DETAIL KOLEKSI

Simulasi identifikasi daerah coding pada deoxyribonucleic acid dengan menggunakan discrete fourier transform

Oleh : Suryadi

Info Katalog

Nomor Panggil : 06201006

Penerbit : FTI - Usakti

Kota Terbit : Jakarta

Tahun Terbit : 2005

Pembimbing 1 : Suhartati Agoes

Subyek : DNA repair;Fourier transformations

Kata Kunci : simulation, identification, coding region, deoxyribonucleic, acid, discrete, fourier transform.

Status Posting : In Pres

Status : Tidak Lengkap

Abstrak
Abstract

A Asam deoksiribonukleat (DNA) merupakan substansi genetik yang membawa faktor keturunan . DNA terdiri dari 4 basa , yaitu adenin, timin , guanin, dan citosin. Masing-masing disimbolkan dengan A, T, G, dan C. Dalam data DNA terdapat daerah coding dan noncoding . Daerah coding (ekson) merupakan daerah DNA yang berguna untuk menjelaskan faktor keturunan . Banyak metode yang dapat dilakukuan untuk menemukan daerah coding dalam data DNA, salah satunya dengan menggunakan transformasi fourier diskrit (DFT).Simulasi menggunakan DFT dilakukan dengan memasukkan persamaan-persamaanalgoritma kedalam bahasa pemrograman Matlab. Tujuan dari simulasi adalah untuk memprediksi panjang ekson, memperoleh nilai optimized spectral dan nilai spektrum daya total dari ekson . Optimized spectral berguna untuk mengidentifikasi posisi ekson dalam data DNAHasil-hasil simulasi memperlihatkan bahwa nilai spektrum daya total dari ekson berbanding lurus dengan nilai N-point DFT dari masing-masing urutan DNA dan nilai optimized spectral DNA juga berbanding lurus dengan kuantitas basa ekson serta panjang ekson . Nilai optimized spectral mencapai maksimum untuk kuantitas basa-basa penyusun ekson serta panjang ekson yang lebih besar daripada saat nilai optimized spectral mencapai mm1mum .

D Deoxyribonucleic acid (DNA) is a genetic substance that brings heredity factor. DNA consist of four bases, which are adenine, timine, guanine, and citosine . Each base is symbolized by A, T, G, and C. There are coding and noncoding regions in DNA data. Coding region (called exon) is a DNA region that\'s useful to describe heredity factor. Many methods can be used to determine coding region in DNA data, one of them is by using discrete fourier transform (DFT).Simulation using DFT is performed by entering the algoritm similarities into Matlab language program . The purpose of simulation are to predict exon length, to get the value of optimized spectral and to get the value of exon total power spectral. Optimized spectral is useful to identify exon position in DNA data.The results of simulation reveal that the total power spectral value of exon is proportional to N-point DFT value for each DNA sequence and the optimized spectral value of DNA is also proportional to quantity of exon bases and exon length. Optimized spectral value reaches maximum for more quantity of exon bases and more length of exon than when optimized spectral value reaches minimum