P Penelitian ini bertujuan untuk mengontrol ekson gen DNA pada CDS dengan menggunakan metode HMM agar basa-basa dalam ekson tersebut tidak berubah sehingga protein yang dihasilkan tidak berubah. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah eksperimental simulasi dari berbagai model HMM dengan aplikasi perangkat lunak MATLAB pada komputer personal yang didapat pada toolbox bioinformatics yang mengkonversikan sekuen data DNA menjadi sekuen digital sehingga dapat dibuat berbagai simulasi bentuk struktur model yang diolah secara komputerisasi. Hasil simulasi untuk keempat model yang dipilih untuk mengontrol ekson DNA gen Plasmodium falciparum tersebut menunjukan bahwa semakin banyak jumlah state model maka kinerja HMM menjadi lebih baik dan nilai acak pada state transisi mempengaruhi hasil kinerja tersebut. Pada umumnya hasil kinerja HMM dapat lebih baik apabila pada proses training menggunakan algoritma viterbi dibandingkan dengan menggunakan algoritma Baum-Welch untuk proses yang sama. Penambahan jumlah state pada model dapat dilakukan pula secara acak sehingga didapatkan suatu metode untuk memberikan nilai-nilai state transisi secara acak agar dapat mempermudah dalam pengembangan bentuk struktur model