S Sistem embedded adalah sistem elektronik yang mengikutsertakan mikrokomputer yang dikonfigurasi untuk melakukan suatu aplikasi yang spesifik. Sistem embedded umumnya diorganisasikan menurut model 3 layer yaitu Hardware Layer, System Software Layer dan Application Software Layer. Penelitian ini menggunakan metodel model hidden markov untuk mengontrol ekson DNA pada cds agar produksi protein tidak berubah. Sedangkan tujuan penelitian adalah membuat suatu prototip yang mengimplementasikan model hidden markov dengan struktur model 20 statte sebagai pengontrol ekson DNA ke dalam sistem embedded. Aplikasi sistem embedded saat ini telah banyak dikembangkan seiring dengan kemajuan teknologi digital khusus di bidang Ilmu Biologi dan bidang Ilmu Informatika sehingga memungkinkan pengembangan prototip ini di masa datang.