P T. Karya Paduyasa merupakan perusahaan industri yang didirikan untuk memenuhi kebutuhan industri dalam negeri pada bidang permesinan manufaktur. Produk yang dihasilkan PT. Karya Paduyasa yaitu komponen alat berat dan proses manufaktur yang diterapkan oleh perusahaan yaitu make to order. Permasalahan yang dihadapi perusahaan yaitu tidak dapat memehuni permintaan pelanggan dalam waktu yang telah ditentukan. Penelitian dilakukan pada 10 produk dengan 29 job menggunakan 13 stasiun kerja dan jenis produksi Hybrid and Flexible Flowshop. Penelitian ini bertujuan untuk membantu perusahaan dalam mengurangi keterlambatan dengan meminimasi waktu penyelesaian seluruh job (makespan). Metode yang digunakan perusahaan dengan karakteristik First Come First Serve (FCFS) yaitu urutan penyelesain waktu proses produksi berdasarkan urutan kedatangannya menghasilkan makespan sebesar 3349 menit dengan 4 produk yang mengalami keterlambatan. Alternatif pertama menggunakan metode shortest processing time (SPT) menghasilkan makespan sebesar 3237 menit dengan 3 produk yang mengalami keterlambatan. Alternatif kedua menggunakan metode weighted shortest processing time (WSPT) menghasilkan makespan sebesar 3030 menit dengan 1 produk yang mengalami keterlambatan.