C CD44 adalah glikoprotein pada permukaan sel yang terlibat dalam adhesi sel dan migrasi sel. CD44 merupakan salah satu penanda yang paling terkenal untuk sel punca kanker. Berbagai macam fungsi CD44 dalam sel manusia antara lain berkaitan dengan proliferasi dan reepitelialisasi sel. CD44 juga sebagai sel punca kanker karena adanya peningkatan CD44 pada penderita kanker. Maka dari itu, CD44 dapat bertindak sebagai penanda adanya potensi keganasan jika terdapat peningkatan dari ekspresi CD44. Lesi premalignan adalah suatu keadaan umum yang terkait dengan peningkatan risiko yang signifikan terhadap keganasan. Beberapa lesi keganasan yang awalnya dimulai dari lesi premalignan terutama pada kanker mulut seperti leukoplakia, eritroplakia, lichen planus, dan oral fibrosis submukosa. Tujuan penelitian ini adalah melihat ada atau tidaknya ekspresi sel punca kanker CD44 pada lesi premalignan yang dapat dipakai sebagai petunjuk adanya potensi keganasan dari lesi premalignan. Penelitian ini merupakan penelitian observasional laboratorik dengan rancangan potong silang. Populasi diambil dari pasien yang memiliki lesi premalignan yang datang ke Rumah Sakit Gigi dan Mulut Universitas Trisakti. Penelitian dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) yang lalu di elektroforesis dan diolah datanya dalam berupa volume densitas melalui SPSS metode Mann-Whitney. Dari hasil pengolahan data terdapat perbedaan yang signifikan (p<0,05) antara volume densitas sel punca kanker CD44 pada sampel lesi premalignan dengan sampel normal. Kesimpulan dari penelitian ini adalah terdapat perbedaan dari ekspresi CD44 antara sampel lesi premalignan dan sampel normal, sel punca kanker CD44 mungkin dapat mendeteksi potensi keganasan di masa depan.