L imbah fasilitas kesehatan terus meningkat, hal ini diperparah dengan pandemi COVID-19. Dalam pengelolaannya, juga timbul permasalahan kualitas pengelolaan yang tidak merata. Oleh karena itu, perlu dilakukan evaluasi yang membandingkan status pengelolaan limbah puskesmas di provinsi DKI Jakarta (gold standard) dan provinsi Jawa Barat.METODEPenelitian ini merupakan penelitian observasional analitik dengan pendekatan cross- sectional mengunakan data Rifaskes 2019. Jumlah layanan primer (puskesmas) yang diteliti berjumlah 1382 yang terdiri dari 313 puskesmas di DKI Jakarta dan 1069 di Jawa Barat. Analisis perbandingan pengelolaan limbah pada kedua provinsi dilakukan dengan uji Mann-Whitney UHASILTerdapat perbedaan yang signifikan dari proses pemilahan limbah padat (p- value:0,000) antara puskesmas di provinsi DKI Jakarta dan Jawa Barat. Hal yang sama ditunjukkan pula pada proses pengolahan limbah medis (p-value:0,013), pengelolaan limbah cair (p-value:0,000), dan keseluruhan total nilai pengelolaan limbah (p- value:0,001). Tidak terdapat perbedaan yang signifikan pada proses penyimpanan sementara limbah B3 antara kedua provinsi. Secara keseluruhan total nilai pengelolaan limbah di provinsi DKI Jakarta memiliki nilai baik yang lebih tinggi (80,7% vs 70,2%). KESIMPULAN DAN SARANPengelolaan limbah puskesmas di provinsi DKI Jakarta lebih baik dibandingkan provinsi Jawa Barat. Diharapkan pemerintah provinsi Jawa Barat memberikan perhatian lebih terhadap pengelolaan limbah di puskesmas Jawa Barat.