S tomatitis aftosa rekuren (SAR) merupakan lesi oral yang paling umum ditemukan pada masyarakat. Saat ini, prevalensi SAR berkisar 25% di populasi dunia. Beta vulgaris (BV) sudah banyak digunakan sebagai obat tradisional oleh masyarakat Indonesia. Dalam BV, terdapat pigmen aktif betalain yang memiliki efek antiinflamasi, antioksidan, antitumor, antikanker, antihipertensi, dan renal-hepatoprotektif. Hingga saat ini, penggunaan BV dalam bidang kedokteran gigi masih belum pemah dilakukan. Tujuan: untuk mengetahui efektifitas BV terhadap SAR. Metode: Jenis penelitian berupa eksperimental pada manusia dengan randomized clinical trial (RCT) dan single blind. Subyek penelitian sebanyak 15 pasien dari RSGM FKG Usakti yang memiliki lesi SAR dan dibagi ke dalam 3 kelompok perlakuan, yaitu BV, klorheksidin glukonat (CHX) 0,1%, dan tetrasiklin (TR) 1,6%. Ketiga jenis obat ini digunakan secara kumur. Skor rasa sakit dicatat setiap hari menggunakan VAS. Pemeriksaan lesi oral dilakukan pada hari ke-1, 7 dan 10. Hasil: Dari uji Chi-square, seluruh kelompok tidak ditemukan perbedaan dalam durasi kesembuhan lesi SAR (BV vs CHX P=0,980; BV vs TR /M),505; dan CHX vs TR P=0,617). Berdasarkan rerata skor rasa sakit, kelompok terapi BV, CHX, TR sebelum terapi berturut-turut adalah 3,8 hari; 5,4 hari; 5,4 hari. Berdasarkan ukuran lesi, didapatkan bahwa ketiga jenis obat ini tidak berbeda dalam menurunkan ukuran diameter lesi SAR pada pemakaian hari ke-1 dan pemakaian hari ke-7 (BV vs CHX P=0,938; BV vs TR .P=0,712; CHX vs TR P=0,893). Kesimpulan: efektivitas Beta vulgaris mampu memberikan kesembuhan pada lesi SAR, baik dari rasa sakit yang semakin menurun, ukuran lesi yang semakin mengecil dan waktu penyembuhan yang lebih cepat dari lesi SAR.