Z ona Perlindungan Budaya terdiri dari Area Situs Budaya dan area Sungai dan tepi Sungai. Pada Area Situs Budaya terdapat peninggalan arkeologis berupa gereja tua Portugis, makam leluhur, dan lonceng gereja. Pengembangan ruang terbuka di area ini menekankan pada perlindungan terhadap benda bersejarah dengan menciptakan latar visual yang sesuai bagi bangunan bersejarah dan mengurangi kerusakan bangunan akibatdari lingkungan dengan membuat buffer, serta merencanakan fungsi ruang yang ada dengan pendekatan kesenian dan mengembalikan fungsi tepi sungai sebagai area konservasi. Wisma tidak terencana yang berada di tepi sungai dipertahankan dengan penataan ulang lingkungannya baik fisik (struktur) maupun non fisik (mental).Zona Pelestarian terdiri dari Area Rawa dan Tepi Rawa serta Area Lahan Terbuka, Area Rawa dan Tepi Rawa serta rawa yang berfungsi pendidikan, penelitian, dan konservasi. Untuk menampung kebutuhan penduduk akan wisma sampai tahun 2005, area lahan terbuka dikembangkan Wisma Taman 4 lantai. Ruang terbuka yang ada dimanfaatkan menjadi lahan paikir dan area rekreasi baik aktif maupun pasifZona pemanfaatan intensif ferdii dari Area Wisma, Karya Perdagangan, Karya Pemerintahan dan Fasilitas Sosial, dan Karya Industri Pergudangan. Pengembangan ruang terbuka meliputi penghijauan di tepi jalanuntuk memberi kenyamananbagi pedestrian. Ruang terbuka pada area Wisma dikembangkan menjadi area rekreasi pasif dan aktif. Pengembangan ruang terbuka pada zona ini meliputi penghijauan di tepi jalan untuk memberi kenyamanan bagi pedestrian. Pada area Karya dikembangkan menjadi area yang mengakomodasikan kegiatan para pekerja untuk beristirahat dan berjalan menuju ke suatu tempat di sekitar area tersebut. Pada area Karya Industri Pergudangan, sebagian ruang terbuka dikembangkan menjadi area buffer industri guna mencegah polusi suara terhadap lingkungan sekitarnya.