P erkembangan disiplin ilmu bioinformatika sangat berdampak terhadap disiplin-disiplin ilmu yang berkaitan dengannya. Penelitian-penelitian terhadap permasalahan biologi yang diselesaikan oleh teknologi informatika semakin gencar dilakukan. Salah satu permasalahannya adalah pada bidang biologi molekuler (DNA, RNA, atau protein) mengenai multiple sequence alignment. Multiple sequence alignment merupakan proses penyusunan atau pengaturan beberapa sekuen sehingga baik persamaan maupun perbedaan dari sekuen-sekuen tersebut tampak nyata. Dalam kaitannya dengan bidang informatika adalah pengembangan suatu aplikasi dengan penerapan metode yang digunakan untuk menyelesaikan permasalahan. Adapun metode yang digunakan adalah profile hidden markov model. Metode ini digunakan dalam perhitungan probabilitas setiap sekuen. Dalam tugas akhir ini, telah dibuat sebuah aplikasi untuk memvisualisasikan profile hidden markov model. Aplikasi ini dikembangkan dengan menggunakan bahasa pemrograman Java yang berorientasi objek. Dari basil uji coba, program yang dibuat dapat melakukan proses multiple sequence alignment dan melakukan proses perhitungan terhadap probabilitas masing-masing sekuen dengan profile hidden markov model.