Analisis pengaruh perputarab tetraheron tehadap repeat region  pada simulasi spektrogram deoxyribonuclric acid

DETAIL KOLEKSI

Analisis pengaruh perputarab tetraheron tehadap repeat region pada simulasi spektrogram deoxyribonuclric acid

Oleh : Aditya Triyantoro

Info Katalog

Penerbit : FTI - Usakti

Kota Terbit : Jakarta

Tahun Terbit : 2006

Pembimbing 1 : Suhartati Agoes

Subyek : Deoxyribonucleic acid;Electrical engineering;Simulation systems

Kata Kunci : analisys, region, simulation

Status Posting : Published

Status : Tidak Lengkap

File Repositori

No.	Nama File	Hal.
1.	2006_TA_STE_06201012_Halaman-Judul.pdf
2.	2006_TA_STE_06201012_Lembar-Pengesahan.pdf
3.	2006_TA_STE_06201012_Bab-1_Pendahuluan.pdf	4
4.	2006_TA_STE_06201012_Bab-2_Tinjauan-Pustaka.pdf
5.	2006_TA_STE_06201012_Bab-3_Metodologi-Penelitian.pdf
6.	2006_TA_STE_06201012_Bab-4_Analisis-Hasil-dan-Pembahasan.pdf
7.	2006_TA_STE_06201012_Bab-5_Kesimpulan-dan-Saran.pdf	1
8.	2006_TA_STE_06201012_Daftar-Pustaka.pdf	1
9.	2006_TA_STE_06201012_Lampiran.pdf

Abstrak
Abstract

A sam deoksiribonukleat (DNA) terdiri 4 basa, yaitu A (adenin), T (timin), G (guanin), dan C (citosin). Pada urutan data DNA terdapat daerah coding dan daerah noncoding. Daerah coding (ekson) adalah pembacaan secara kodon yang dapat ditranslasi menjadi kode genetik. Untuk kode genetik ada 64 kemungkinan kombinasi dari pembacaan 3 huruf basa (kodon), sehingga dapat memperinci 64 macam asarn amino (protein). Pemisahan daerah coding dari daerah noncoding sangat penting untuk menjelaskan faktor keturunan . Repeat region (daerah pengulangan basa-basa) adalah bagian dari daerah coding.Dengan menggunakan metode transformasi fourier diskrit (DFT) dan tetrahedron maka repeat region dapat ditampilkan pada spektrogram DNA. Simulasi akan menampilkan spektrogram DNA basil perhitungan DFT dengan memasukkan persamaan-persamaan algoritma kedalam bahasa pemrograman Matlab. Metode tetrahedron akan menempatkan keÂ empat basa pada tetrahedron dengan koordinat tertentu yang kemudian setiap basa akan dikonversikan menjadi 3 warna dasar (RGB). Tujuan dari simulasi adalah untuk memprediksi daerah repeat region melalui wama yang dihasilkan oleh spektrogram DNA dan mengetahui pengaruh perputaran tetrahedron terhadap warna repeat region.Hasil-hasil sirnulasi spektrogram DNA rnemperlihatkan bahwa warna repeat region untuk urutan data DNA Mus muculus (2640 bp) memiliki jumlah repeat region (dalam pembacaan kodon) terbanyak dibandingkan ketiga input simulasi lainnya (Caenorhabditis elegans, Pan troglodytes, Oryza saliva) dengan wama kuning pada spektrogram DNA. Sernakin besar nilai N-point yang digunakan dalam perhitungan DFT maka semakin panjang skala sumbu frekuensi spektogram DNA dan semakin kecil ukuran setiap piksel terhadap surnbu frekuensi spektogram DNA. Perubahan koordinat untuk setiap basa-basa pada tetrahedron akan mengubah warna repeat region.

D eoxyribonucleic acid (DNA) consist of four bases, which are A (adenine), T (thymine), G (guanine) and C (cytosine). There are coding regions and noncoding regions in DNA data sequence. Coding region (exon) is a kodon that can be translated into a genetic code. There are 64 posible of combination for kodon, it can specify 64 kind of amino acid (protein). Distinguishing coding from noncoding regions is an important to describe heredity factor. Repeat region is a part of coding region.By using discrete fourier transform (DFT) and tetrahedron methods, repeat region can be displayed in DNA spectrogram. DNA spectrogram simulation will show DNA spectrogram using DFT by entering the algoritm similarities into matlab language program . Tetrahedronmethod will place each of four bases to a vertex of a tetrahedron with a coordinat, it convertion of four bases into 3 primacy color (RGB). The purpose of simulation are to predict repeat region from DNA spektrogram color and to know rotated tetrahedron influence on repeat region color.The results of simulation reveal that repeat region for Mus muculus DNA data sequence has more repeat region for kodon than the other input (Caenorhabditis elegans, Pan troglodytes, Oryza saliva) with yellow color in DNA spectrogram. More higher the N-pointvalue used in DFT calculation then more longer the scale of DNA spectrogram frequency axis and more smaller the size of each pixel on DNA spectrogram frequency axis. The changed of coordinat for each bases in tetrahedron will change the repeat region color.