S Sungai Pesanggrahan Segmen Tengah dimulai dari daerah Cirendeu, Kecamatan Ciputat Timur, Kota Tangerang Selatan dan terletak antara 6°17’50.54”-6°16’52.44” LS dan 106°46’00.68”-106°45’26.66” BT yang mengalir hingga ke Kota Jakarta Selatan dengan panjang ±12 km. Untuk perairan yang dinamis analisis biologi khususnya analisis struktur komunitas hewan bentos dapat memberikan gambaran yang jelas tentang kualitas perairan karena selalu kontak dengan limbah yang masuk ke habitatnya. Penurunan kelimpahan dan komposisi dari makrozoobentos tersebut merupakan indikator adanya gangguan ekologi yang terjadi pada suatu perairan sungai. Penelitian ini bertujuan untuk (i) mengidentifikasi sumber pencemaran yang ada di sekitar sungai, (ii) mengetahui karakteristik sungai, (iii) mengetahui kualitas air sungai dengan membandingkan hasil pengukuran dengan baku mutu berdasarkan peruntukannya dan mengetahui status mutu air dengan metoda STORET, (iv) mengidentifikasi keanekaragaman, keseragaman, dan dominansi komunitas makrozoobentos sebagai bioindikator pencemaran, serta (v) menganalisis hubungan antara model kelimpahan spesies komunitas makrozoobentos sebagai kondisi dari ekologi. Penelitian ini dilakukan pada bulan Maret-Juli 2016 pada 6 titik lokasi sampling yang berjarak ±2 km dan dianggap mewakili habitat bentos dan dan mewakili perairan sungai. Pengambilan sampel dilakukan sebanyak 4 kali. Berdasarkan pengukuran karakteristik sungai memiliki kecepatan arus sedang (0,27-0,56) m/dtk dengan jenis tekstur yang dominan adalah sedimen berpasir dan debit rata-rata berkisar (5,78-9,20) m3/dtk. Parameter yang melebihi baku mutu adalah TSS, BOD, COD, dan Fosfat. Hasil pengukuran status mutu air metode STORET dengan skor (-27) masuk dalam kategori tercemar sedang. Makrozoobentos yang didapat adalah 24 spesies yang termasuk ke dalam 6 kelas makrozoobentos. Kisaran pada nilai Indeks Keanekaragaman (H’) 0,49-1,63, Indeks Keragaman (E) 0,27-0,71 dan Indeks Dominansi (C) 0,40 – 0,87. Hasil tersebut menunjukkan perairan dalam keadaan setengah tercemar hingga tercemar berat. Jenis makrozoobentos yang paling dominan ditemukan di beberapa titik yaitu jenis Olyghochaeta (sp.), jenis ini mempunyai daya toleransi yang tinggi terhadap kualitas air yang tercemar, spesies ini dapat dijadikan sebagai indikator perairan tercemar berat. Model Ekologi berdasarkan kelimpahan spesies menunjukkan bahwa pada perairan Sungai Pesanggrahan segmen tengah tidak terjadi persaingan yang kuat oleh salah satu spesies tertentu, komunitas tidak merata, dan tidak stabil serta tidak adanya juga kelimpahan spesies yang merata dan stabil. Nilai koefisien korelasi yang didapatkan sebesar (R2=0,010,45) menandakan bahwa adanya korelasi yang rendah antara jarak antar titik sampling dengan kelimpahan makrozoobentos.