S Situ Pemda Cibinong, merupakan Situ seluas ±5,77 Ha yang terletak diantara 6°28'44.7"LS dan 106°49'60.0"BT dan berlokasi di Desa Karadenan, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Fungsi Situ ini adalah sebagai daerah tangkapan air, daerah resapan air dan rekreasi air. Selain parameter kualitas air, fitoplankton merupakan parameter biologi yang dapat dijadikan indikator untuk mengevaluasi kualitas dan tingkat kesuburan suatu perairan (bioindikator). Penelitian bertujuan untuk menganalisis kualitas air dan membandingkannya dengan baku mutu, menganalisis hubungan kelimpahan fitoplankton dengan sebaran nitrat dan fosfat, menganalisis struktur komunitas fitoplankton : Indeks keankaragaman (H’), indeks keseragaman (E), indeks dominansi (C), indeks saprobitas (X), serta menganalisis produktivitas primer dan serapan karbon. Penelitian ini dilakukan pada bulan April s/d Juli 2016 dengan 6 titik lokasi pengambilan sampel, yang ditentukan berdasarkan inlet dan zona tengah Situ. Pengambilan sampel dilakukan sebanyak 4 kali. Parameter yang melebihi baku mutu adalah BOD berkisar antara (3,38 s/d 9,97 mg/liter), konsentrasi COD berkisar antara (13,44 s/d 206,72 mg/liter), dan konsentrasi fosfat berkisar antara (0,04 s/d 1,33mg/liter). Hubungan kelimpahan fitoplankton dengan konsentrasi nitrat dan fosfat adalah sangat lemah, hal ini disebabkan karena nutrient dalam perairan telah mengalami perombakan. Nitrat diduga telah mengalami denitrifikasi, yaitu proses perombakan nitrat menjadi nitrogen bebas di udara, dan relatif rendahnya konsentrasi nitrat dan fosfat dengan kelimpahan fitoplankton yang tinggi mengindikasikan bahwa nitrat dan fosfat telah diserap oleh fitoplankton. Kelimpahan fitoplankton yang ditemukan selama 4 kali pengambilan, berkisar antara 4500 s/d 47650 sel/liter yang termasuk kedalam 6 divisi fitoplankton yaitu Chlorophyta, Chrysophyta, Euglenophyta, Dinophyta, Bacillariophyta, Cyanophyta. Kisaran nilai pada Indeks Keanekaragaman (H) 1,78 s/d 7,23, Indeks Keseragaman (E) 0,40 s/d 1,54, Indeks Dominansi (C) 0,09 s/d 0,99 dan Indeks Saprobitas (X) -2,77 s/d 1,67. Dari indeks keanekaragaman dan saprobitas diketahui bahwa present status situ adalah tercemar sangat ringan. Jenis fitoplankton yang paling dominan ditemukan di Situ Pemda Cibinong adalah jenis Cosmarium sp dan Ulothrix sp, jenis fitoplankton ini memiliki sifat resisten terhadap bahan pencemar. Pencemaran di Situ Pemda Cibinong disebabkan oleh buangan organik dan anorganik dari aktivitas sekitar Situ. Nilai klorofil-a di Situ Pemda Cibinong antara (1,90 s/d 8,57 mg/m3 atau 1,052 s/d 1,452 mg C/m3) yang berarti perairan berkisar dalam status mesotrofik dan karbon yang dapat diserap oleh fitoplankton berkisar antara (46 x 106 s/d 483 x 106 Ton/Tahun) atau (22 x 103 s/d 30 x 103 Ton/m3), oleh karena itu fitoplankton memegang peranan penting dalam proses menjaga perubahan iklim karena dapat menyerap karbon.