S Sungai Ciliwung merupakan salah satu sumber air bagi kehidupan manusia yang berhulu di Bogor dan bermuara di Jakarta. Bertambahnya jumlah penduduk di sekitar Daerah Aliran Sungai (DAS) Ciliwung akan mempengaruhi kualitas air Sungai Ciliwung. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi beban pencemar yang masuk ke Sungai Ciliwung, menghitung daya tampung beban pencemar (DTBP) pada Sungai Ciliwung dan membuat skenario beban pencemar pada Sungai Ciliwung. Parameter yang digunakan pada perhitungan DTBP adalah nitrat dan fosfat. Penelitian ini dilakukan di Sungai Ciliwung pada bulan Januari–Agustus 2018 dari hulu sampai hilir dengan panjang aliran sungai ± 120 km. Kegiatan di sekitar DAS Ciliwung yang menjadi potensi pencemaran di bagian hulu adalah domestik, bagian tengah adalah domestik dan rumah makan, serta bagian hilir adalah domestik, apartemen, dan perkantoran. Pengukuran kualitas air dilakukan selama 3 periode pada bulan Mei, Juni, dan Juli 2018. Nilai kadar nitrat di Sungai Ciliwung 2,28 mg/l – 5,66 mg/l (baku mutu nitrat kelas 1 = 10 mg/l dan kelas 3 = 20 mg/l). Kadar fosfat berkisar antara 1,03 mg/l – 10,87 mg/l (baku mutu fosfat kelas 1 = 0,2 mg/l dan kelas 3 = 1 mg/l). Daya Tampung Beban Pencemar fosfat di Sungai Ciliwung berkisar 5,42 – 1.623,66 kg/hari, beban fosfat eksisting 60,48 – 8.446,38 kg/hari maka kelebihan beban 72 % - 95%. Skenario pengurangan dilakukan dengan membuat IPAL komunal di setiap segmen dan memperoleh beban fosfat menjadi 44,68 – 2.622,43 kg/hari dan kelebihan beban 26% - 93%. Kemudian dilakukan skenario lanjutan dengan penambahan debit berupa pembuatan bendungan di hulu Sungai Ciliwung dan memperoleh beban fosfat berkisar antara 5,33 – 2.271,06 kg/hari dan kelebihan beban 4% - 84%. Informasi DTBP yang didapatkan dari penelitian ini akan digunakan sebagai dasar dalam pengambilan keputusan dalam menurunkan beban pencemar di Sungai Ciliwung.