Sistem embedded untuk memprediksi posisi ekson pada rantai dna menggunakan model markov tersembunyi
Info Katalog
File Repositori
Penerbit : FTI - Usakti
Kota Terbit : Jakarta
Tahun Terbit : 2010
Pembimbing 1 : Ferrianto Gozali
Subyek : Management operations;Software engineering
Kata Kunci : embedded system
Status Posting : Published
Status : Tidak Lengkap
File Repositori
| No. | Nama File | Hal. | Link |
|---|---|---|---|
| 1. | 2010_TA_TE_06206001_Halaman-Judul.pdf | ||
| 2. | 2010_TA_STE_06206001_Lembar-Pengesahan.pdf | ||
| 3. | 2010_TA_STE_06206001_Bab-1_Pendahuluan.pdf | ||
| 4. | 2010_TA_STE_06206001_Bab-2_Tinjauan-Pustaka.pdf |
|
|
| 5. | 2010_TA_STE_06206001_Bab-3_Metodologi-Penelitian.pdf |
|
|
| 6. | 2010_TA_STE_06206001_Bab-4_Analisis-Hasil-dna-Pembahasan.pdf |
|
|
| 7. | 2010_TA_STE_06206001_Bab-5_Kesimpulan-dan-Saran.pdf | ||
| 8. | 2010_TA_STE_06206001_Daftar-Pustaka.pdf | ||
| 9. | 2010_TA_STE_06206001_Lampiran.pdf |
|
S Sistem embedded adalah suatu sistem komputer yang memiliki fungsi khusus I spesifik, di mana sistem ini dikonfigurasi hanya untuk tujuan tertentu seperti melakukan komputasi numerik untuk data yang dilakukan secara berulang-ulang. Hal ini bertujuan untuk menghemat dana dan daya yang diperlukan. Dalarn tugas akhir ini, posisi ekson pada rantai DNA dijadikan kasus studi yang akan diirnplernentasikan.Sistern embedded yang digunakan adalah TS-7395 yang memiliki arsiktektur prosessor ARM 200 MHz. Dalam perancangannya, metodologi penelitian dibagi menjadi 2 garis besar yaitu konfigurasi perangkat keras dan perancangan perangkat lunak. Untuk perangkat keras, berbagai konfigurasi harus dilakukan seperti komunikasi serial RS-232, jaringan Ethernet, pernasangan power supply dan bahkan aturan untuk mematikan dan menyalakan sistem agar sistern operasi tidak rusak. Di sisi lain, perancangan ini juga melibatkan peranan bahasa program seperti bahasa C dan skrip php untuk mengimplernentasikan algoritma-algoritma di dalam model markov tersembunyi seperti Forward-Backward dan Viterbi. Kedua algoritma ini digunakan untuk melakukan pelatihan dan pengetesan pada elemen-elemen model markov tersernbunyi seperti matriks emisi, matriks transisi dan jumlah state yang digunakan, yaitu 7 dalam kasus ini. Adapun sampel observasi yang digunakan adalah 152 rantai DNA pada Plasmodium falciparum (malaria) yang diambil dari bank DNA NCB I.Dengan demikian, proses pelatihan dengan algoritma Forward-Backward menunjukkan lokal maksimurn likelihood adalah 1.585385 yang mana paling mendekati 1 (log likelihood mendekati 0). Adapun algoritma Viterbi digunakan untuk rnelakukan pengetesan yang menghasilkan True Positive I Negative dan False Positive I Negative yang digunakan untuk menghitung Specificity (Sp), Sensitivity (Sn), Approximation (AC) dan Correlative Coefficient (CC). Pada akhirnya, nilai CC maksimum yang didapat dari 5 kali pengetesan adalah 0.153797. Hal ini menunjukkan korelasi persamaan dari sekuen asli dan estimasi hanya sekitar 15 persen. Akan tetapi , kelebihan sistem ini adalah kecepatannya dalam proses pelatihan yaitu 159 detik dibandingkan dengan menggunakan Matlab .
E Embedded system is a computer system with special I specific function, whereas this system is configured to a purpose such as doing numerical computation for data frequently. This is purposed to save the required cost and power consumption. In this final assigment, exon position at DNA sequence becomes the study case which will be implemented.Embedded system which used is TS-7395 which has architecture ARM processor 200 Mhz. In the designing process, research methodology is separated into 2 main lines, it is hardware configuration and software design . For hardware part, several configuration must be done such as serial communication RS-232, Ethernet networking,power supply installation also shutdown and restarting the system to avoid the OS failure. In other hand, this system also involve programming languages like C language and php script for implementing the algorithms of Hidden Markov Model such as Forward-Backward and Viterbi . Both algorithms are used to solve the training and testing at Hidden Markov Model elements which consist of emission matrix, transition matrix and number of states, whereas 7 at this case. The observation samples are 152 DNA sequences of Plasmodium falciparum (malaria) which is taken from DNA bank NCBI.As the results, training process with Forward-Backward algorithm shows localmaximum likelihood is 1.585385 which closest to 1 (log likelihood almost to 0). Then, Viterbi algorithm is used to do testing that produces True Positive I Negative and False Positive I Negative for calculating Specificity (Sp), Sensitivity (Sn), Approximation (AC) and Correlative Coefficient (CC). Finally, the maximum CC for 5 random testing is 0.153797. This result shows the correlation between original sequence and estimation sequence around 15 percent. But, the advantage of this system is fasting in training process around 159 seconds comparing with Matlab.
Info Koleksi Skripsi
Universitas
Fakultas
- FH (1766)
- FEB (7647)
- FK (2278)
- FKG (3717)
- FTSP (1208)
- FTI (3693)
- FTKE (2572)
- FALTL (2121)
- FSRD (764)