Pemilihan primer pada proses PCR untuk sekuensing DNA literature review
K Keberhasilan dalam pemilihan primer yang tepat dan sesuai pada proses Polymerase Chain Reaction (PCR) khususnya dalam bidang sekuensing DNA sangat dipengaruhi oleh karakteristik primer yang digunakan. Desain Primer yang dipilihuntuk beberapa penelitian umumnya menggunakan berbagai macam algoritma dan karakter primer yang berbeda-beda.Literature review ini bertujuan untuk memberikan panduan bagi pengguna terutama terkait pada sifat/karakteristik primer yang signifikan perlu diperhatikan,terutamadisesuaikan dengan tujuan penelitian.Pada dasarnya Primer disusun dari sintesis oligonukleotida sepanjang 15-32 bp dan primer ini harus mampu mengenali urutan yang akan diamplifikasi. Untuk standar amplifikasi sepasang primer akan mempunyai kisaran pasangan basa sekitar 20 basa dan kandungan GC antara 45-60%. Temperatur anneling antara primer yang digunakan berkisar antara 1°C. Ujung 3’ dari setiap primer harus G atau C. Pada penyusunannya sepasang primer diperlukan parameter antara lain panjang primer, suhu leleh primer, suhu anneling primer, kandungan GC, penjepit GC, struktur sekunder Primer dan beberapa pertimbangan lainnya yangpenting harus dijaga agar urutan primer tidak saling komplementer sehingga membentuk Dimer-Primers.Beberapa hal lain perlu dihindari khususnya pada daerah sekuens DNA yang berulang (repetitif).Dengan demikian dapat diterapkan pada penelitian lanjut sebagai patokan dalam pengujian menggunakan Primer yang tepat sehingga diperoleh hasil yang optimal.
T The success in selecting the right and suitable primers in the Polymerase Chain Reaction (PCR) process, especially in the field of DNA sequencing, is strongly influenced by the characteristics of the primers used. Primary designs chosen for several studies generally use a variety of algorithms and different primary characters. This literature review aims to provide guidance for users, especially those related to significant primary characteristics / characteristics that need attention, especially according to research objectives. oligonucleotide synthesis of 15-32 bp and this primer must be able to recognize the sequence to be amplified. For standard amplification the primary pair will have a base pair range of about 20 bases and a GC content of between 45-60%. Anneling temperatures between primers used ranged from 1 ° C. The 3 'end of each primer must be G or C. In the preparation of the primary pair, parameters are needed, including primary length, primary melting temperature, primary anneling temperature, GC content, GC clamp, Primary secondary structure and several other important considerations that must be maintained so that the primary sequence is not Mutually complementary to form Dimer-Primers. Several other things need to be avoided, especially in areas of repetitive DNA sequences (repetitive). Thus it can be applied to further research as a benchmark in testing using the right primer so that optimal results are obtained.
Info Koleksi Makalah Dosen
Universitas
Fakultas
Tahun Terbit