DETAIL KOLEKSI

Pengembangan metode identifikasi basa DNA untuk proses sekuensing: tahun ke 2 dari rencana 3 tahun

0.5


Oleh : Harumi Yuniarti, Bambang Cholis, Astri Rinanti Nugraha

Info Katalog

Penerbit : Lemlit - Usakti

Kota Terbit : Jakarta

Tahun Terbit : 2016

Subyek : Nucleotide sequence;DNA - Analysis

Kata Kunci : sequencing process, DNA base, sanger method


File Repositori
No. Nama File Ukuran (KB) Status
1. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_1.pdf 2881.17
2. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_2.pdf 938.88
3. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_3.pdf 1312.67
4. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_4.pdf 1360.82
5. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_5.pdf 2918.72
6. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_6.pdf 1318.98
7. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_7.pdf 1304.85
8. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_8.pdf 1259.1
9. 2016_LP_TI_Pengembangan-Metode-Identifikasi_9.pdf 16895.85

P Penelitian berjudul Pengembangan Metoda Identifikasi Basa DNA untuk Proses Sekuensing pada tahun ke 2 ini merupakan kelanjutan dari tahun pertama, dalam hal ini difokuskan pada menentukan suhu annealing yaitu suhu yang tepat bagi penempelan primer pada sekuen template. Menggunakan metoda Sanger proses amplifikasi dengan polymerase chain reaction (PCR) pada sekuensing, diawali dengan proses denaturasi pada Primer DNA template (cetakan) sehingga rantai DNA yang berantai ganda diharapkan akan terpisah menjadi rantai tunggal. Durasi cycle cycling diuji 20, 25, 30 kali. Masing-masing cycle cycling diuji menggunakan suhu annealing divariasikan pada suhu 49°C, 50°C dan 51°C. Proses annealing dilakukan dengan pemanasan beberapa saat, kemudian dilanjutkan proses penurunan suhu hingga terjadi penempelan dengan tepat. Hasil sekuensing primer (M13) memberikan amplikon yang terbaca dengan baik pada elektroferogram bila suhu annealing pada sekuenser ABI Prism 310 diatur pad suhu 50°C pada pengenceran reagen BigDye (pGEM-BGT) 8 µL dan durasi c cle c dibandingkan dengan pGEM_Standa menggunakan program analisis Dalam perkembangann metode mudah pada bioinformatika (perpaduan 1 25 kali. Selanjutnya hasil sekuensing engetahui tingkat kekerabatan dengan bentuk program analisis, dengan tami3ilan diagram fiensing ini telah difasilisasi secara jelas dan biologi teknologi informatika) dalam hylogenetic Tree). Diagram ini merepresentasikan hubungan evolusilkekerabatan yang diperoleh dari hasil elektroferogram proses elektroforesis sekuensing basa DNA. Disediakan dalam bentuk file dengan memanfaatkan aplikasi program analisis yang memerlukan beberapa tahapan. Dimulai dari installing, editing, alignment hingga diperoleh hasil analisis sekuen. Dari beberapa macam program analisis sekuensing umumnya dapat digunakan untuk menganalisa data yang diperlukan. Yaitu dengan cara menterjemahkan image data sekuen-sekuen menjadi basa nukleotida yang mempunyai kemiripan dalam bentuk print out diagram pada aplikasi program Mega7 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). Dengan demikian dengan program ini ditunjukkan hubungan kekerabatan masing-masing sekuen yang dianalisa terhadap data pembanding.

T The study entitled Development of Identification Method for Process Sequencing DNA base in year 2 is a continuation of the first year, in this case focused on determining the annealing temperature is the right temperature for the primer template sequences. Sanger method using the amplification process by polymerase chain reaction (PCR) on sequencing, beginning with the process of DNA denaturation at Primary template (mold) so that the chain double chain DNA is expected to be separated into a single chain. The duration of the cycle cycling tested 20, 25, 30 times. Each cycle cycling tested using the annealing temperature was varied at a temperature of 49 ° C, 50 ° C and 51 ° C. Annealing process is performed by heating a while, and then continue the process until an annealing temperature decrease appropriately. The results of sequencing primer (M13) provides amplicons read properly at elektroferogram when the annealing temperature on sequencer ABI Prism 310 is set pad temperature of 50 ° C at a dilution reagent BigDye (pGEM-BGT) 8 mL and duration c cle c compared to pGEM_Standa using analysis program in easy methods in bioinformatics (a blend of 1 to 25 times. Furthermore, the sequencing results engetahui degree of kinship with the form analysis program, with tami3ilan fiensing diagram has difasilisasi clearly and biological informatics technology) in hylogenetic Tree). This diagram represents the relationship evolusilkekerabatan obtained from the electrophoresis process elektroferogram sequencing of DNA bases. Are provided in the form of a file by using an application program that requires several stages of analysis. Starting from installing, editing, alignment to obtain the results of sequence analysis. Of some sort of sequencing analysis program can generally be used to analyze the data as needed. That is the way to translate the data image sequences into a nucleotide bases that have a similarity in print form Mega7 diagram on the application program (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). Thus with this program demonstrated the kinship of each sequence were analyzed for comparative data.

Bagaimana Anda menilai Koleksi ini ?